Ông kết hôn với Yelena Petrovna Susaykova, có một con trai, Yuri, và hai con gái, Lilia và Nelly.

Năm 1955, con trai của Susaykov, một học sinh lớp 9, Yuri, vướng vào một vụ án hình sự. Bạn của Yuri là Boris Zhuravlev đã bắn chết sinh viên Viktor Kuzmin trong tình trạng say xỉn. Khẩu súng lục thuộc về Ivan Zakharovich được Yuri tặng cho Zhuravlev. Bản thân Susaykov khi đó đang phục vụ ở Tashkent, còn vợ, con trai và hai con gái của ông, học tại một trường ở Moskva, vẫn ở Moskva.